Bị bức tử Lý_Huệ_Tông

Không lâu sau, Trần Thủ Độ sắp đặt để Lý Chiêu Hoàng nhường ngôi cho chồng là Trần Cảnh, tức là Trần Thái Tông. Nhà Lý mất về tay nhà Trần từ đó (1225).

Sau khi làm sư, Huệ Tông vẫn thường đi dạo chơi trong kinh thành. Một hôm đi chơi qua chợ Đông, dân chúng nhận ra, xúm lại xem, có người còn khóc thương.

Năm 1226, Trần Thủ Độ sợ lòng dân nhớ vua cũ, bèn chuyển Huệ Quang vào chùa Chân Giáo.

Một lần Thủ Độ thấy Huệ Tông nhổ cỏ ở vườn, Thủ Độ nói:

Nhổ cỏ phải nhổ cả rễ sâu.

Huệ Tông nói:

Điều ngươi nói, ta hiểu rồi.

Sau đó, ông tự tử ở sau vườn, trước khi chết còn khấn:

Thiên hạ nhà ta đã vào tay ngươi, ngươi lại còn giết ta, ngày nay ta chết, đến khi thác con cháu ngươi cũng sẽ bị như thế.

Lý Hạo Sảm mất ngày mồng 10 tháng 8 năm Bính Tuất (tức ngày 3 tháng 9 năm 1226), thọ 33 tuổi, làm vua 14 năm, đi tu 2 năm. Thủ Độ cho hỏa táng xác ông, chứa xương vào tháp chùa Bảo Quang, tôn miếu hiệu là Huệ Tông.

Có người nói rằng lời nói trước khi chết của ông sau này đã ứng nghiệm, khi Hồ Quý Ly giết hại nhiều tôn thất nhà Trần, sau rồi soán ngôi và lập ra nhà Hồ.

Theo Đại Việt Sử ký Toàn thư, đời sau có người làm phép chiết tự cho rằng: tên ông là Sảm (旵), theo Hán tự thì bên trên là chữ nhật (mặt trời), bên dưới là chữ sơn (núi), chữ "Sảm" nghĩa là "mặt trời gác núi"; theo nghĩa đó mà suy thì đến đời Lý Sảm, mặt trời nhà Lý sẽ tắt.